到了晚年，蒋经国患上了糖尿病，油条也不能吃了，餐饮更加清淡。更糟糕的是糖尿病引发的并发症导致他难以正常走路，总感觉像“踩棉花”。一开始为了避免影响形象，他还坚持自己走，哪怕走慢一些，后来病症恶化，只能选择坐轮椅。为了不让别人拍到，他只好提前1小时去会议现场，散会后再离开。糖尿病患者时间长了还会危及眼睛，他也不例外，没过多久，他的视网膜开始退化，左眼几乎全盲，右眼视力较差，为了处理公务，公文上的每个字都打印成3厘米见方，即便如此也是很费劲。

1987年8月，蒋经国已经病入膏肓不能理政，被紧急送到荣总医院治疗。经过检查，他的大部分内脏已经衰退，吃药不能解决问题，唯一能做的就是延缓。

考虑到他的特殊身份，一旦公开病情，岛内政局可能不稳，蒋家人决定让蒋经国的车队照常进出官邸，继续早出晚归，不让外界起疑心。

1988年1月13日，蒋经国忽然感觉胃疼，但医院的肠胃专家罗光瑞正在出差，他只好等待，陪着他的蒋孝勇刚出门，他突然大口吐血，然后病逝，享年78岁。

在此之前，他就已经给儿子蒋孝勇留了遗言，让他想办法把自己和父亲蒋介石葬回大陆。在办完父亲丧事后，蒋孝勇立刻着手奔走这件事，即使后来被确诊为食道癌四期，也没有停止脚步。