日本外务大臣茂木敏充更是在社交媒体上连续发布三条声明，逐条驳斥俄罗斯关于南千岛群岛主权的主张，还在事发当天下午紧急召见了俄罗斯驻日大使诺兹德廖夫，双方在日本外务省的会谈持续了一个多小时，会谈现场气氛极其紧张，日方全程都在向俄方表达强烈不满。日本在野党也纷纷跟进表态，多个在野党党首公开批评政府过去几年对俄政策过于软弱，要求政府立刻采取更强硬的反制措施，甚至有部分激进议员提出，要直接冻结俄罗斯在日本境内的所有剩余资产，全面停止俄日之间仅剩的民间交流项目。

日本民间舆论的反应比官方更加激烈，多家主流媒体都把这一事件放在了头版头条位置，《读卖新闻》的民调显示，超过78%的日本民众认为普京的登岛行为是对日本国家尊严的严重侵犯，超过六成受访者支持政府对俄罗斯采取进一步的强硬反制措施。东京、札幌等多个城市都出现了民间团体发起的游行示威活动，大量民众聚集在俄罗斯驻日大使馆门前，高举标语抗议普京的登岛行为，部分激进民众甚至当场焚烧了俄罗斯国旗，现场情绪十分激动。

但日本国内也并非完全一边倒的强硬声音，日本执政的自民党资深议员铃木宗男就公开表态，批评日本政府的过度反应“幼稚且不成熟”，他表示普京登岛只是在履行俄罗斯总统的正常职责，日本没必要对俄罗斯的每一次相关行动都做出激烈回应，这种过度抗议反而会进一步收紧俄罗斯对日的立场，彻底堵死未来两国和平条约谈判的可能性。但这种理性的声音，在当时日本全国上下的激烈情绪氛围中，几乎被完全淹没，没有引发太多主流关注。